Информация о морфологии и фонетике действительно может быть полезна при изучении иностранного языка и традиционно используется, но в действительности иностранный язык может быть изучен вообще без использования этой информации.

Да, в голове эти уровни кодируются в разных местах и разным образом, отсюда и сложность с переключениями между уровнями: далеко лазать, нужен совершенно другой режим.